Thutmosis IV anses av vissa forskare ha varit den ideologiske upphovsmannen till den s.k. Amarna-revolutionen, som inföll under sonsonen Akhenaton; bl.a. tillsatte han sin härförare som överstepräst i Karnak och lät framföra tacksägelser till solguden Aton (istället för som brukligt Amun) för sina framgångar i krigståg mot Syrien.